En mai 1998, à la suite d'émeutes qui firent 2000 morts, le dictateur Suharto quitte la présidence de l'Indonésie après 32 ans de pouvoir absolu. Depuis cette date, le climat de violence va grandissant et des affrontements inter religieux ont éclaté dans l'archipel des Moluques (voir carte) en janvier 1999.

Les Moluques sont situées dans la partie orientale du pays et ont connu, avec la présence coloniale du Portugal et des Pays Bas, l'installation du christianisme et du protestantisme. Actuellement, l'immigration musulmane en provenance d'autres îles de l'Indonésie (encouragée par le gouvernement) modifie peu à peu le rapport de forces confessionnel et les chrétiens sont devenus minoritaires avec 40% de la population, pour 10% dans l'ensemble du pays.

Les affrontements ont débuté en janvier 1999 et ont opposé chrétiens et musulmans sur l'île d'Ambon, village contre village, amenant leur lot d'incendies. En particulier, un village catholique a été rasé et sa population évacuée par l'armée. La fin de l'année 1999 a connu une recrudescence des affrontements et fin novembre le nombre de personnes ayant fui leurs habitations était estimé à 100000. Les meurtres concernent aussi bien des chrétiens que des musulmans. Destruction d'églises et de mosquées accompagnent les émeutes qui se déclenchent de façon imprévisible (exemples: altercation entre un commerçant musulman et un chrétien en janvier 1999, incendie d'une maison de chrétiens en novembre 1999, écrasement d'un piéton musulman par un bus conduit par un chrétien en décembre 1999). L'armée indonésienne, chargée de rétablir l'ordre, montre la même mauvaise volonté et parfois la même complicité avec les émeutiers qu'au Timor oriental.

Une étape supplémentaire dans la haine religieuse à été franchie début janvier 2000. Des centaines d'étudiants le 5 et plus de 100000 personnes le 7 ont manifesté à Jakarta, capitale du pays, appelant à la guerre sainte contre les chrétiens. Parmi les beuglements d'une foule aveuglée par ses vérités factices: "Dieu est le plus grand", "Brûlez les églises", "Génocide de musulmans à Ambon peut aussi signifier génocide de chrétiens à Jakarta", "La tolérance est absurde, massacrez les chrétiens". Une haine qui répond en écho à des propos très chrétiens entendus en janvier 1999: "Nous vaincrons par le sang de Jésus".

Début janvier 2000, le bilan est estimé à entre 1000 et 2000 morts en un an, signe que le mot oecuménisme n'a aucun sens. L'armée n'a alors décidé, pour toute réponse, que d'imposer un blocus maritime dans les Moluques. Il s'agit autant d'interdire la venue des journalistes (afin de ne pas "propager de fausses nouvelles") que d'empêcher, officiellement, les soutiens extérieurs aux émeutiers, stratégie facile pour éloigner les témoins.

L'archipel des Moluques agonise sous la folie meurtrière des croyants. Il est illusoire de croire à une possible cohabitation entre deux religions qui, chacune, prônent la haine et la discrimination et clament la supériorité de leur foi sur les mythes concurrents qui ne méritent que mépris et doivent être voués à l'anéantissement. Les religions ne sont pas destinées à se parler et à s'entendre, le Coran et la Bible sont deux édifices dont la permanence nécessite la destruction de toute autre forme de foi ou non-foi. Mais les religions ont des durées de vie finies.