Les coptes sont les héritiers d'un christianisme très ancien, implanté en Egypte bien avant la conquête musulmane de 642. Constitués en Eglise nationale au concile de Chalcédoine en 432, les coptes se distinguent alors de l'Eglise byzantine en attribuant à JC une nature uniquement divine alors que le reste de la chrétienté voit dans l'hypothétique prophète à la fois un homme et un dieu. Cette question avait suscité de nombreux débats et décisions contradictoires au cours des premiers siècles de la chrétienté. En dépit de cette ancienneté, les coptes représentent 6 à 10% de la population égyptienne (63 millions d'habitants) et sont victimes de discriminations et assassinats par les musulmans, surtout en Haute Egypte.

Des heurts ont eu lieu dès les années 70 et en juin 1981 dans la banlieue du Caire 14 personnes furent tuées lors d'affrontements confessionnels. Mais c'est en 1992 que l'organisation islamique Jamaa Islamiya (apparue en 1977 dans les universités égyptiennes) lance sa campagne de terreur contre les coptes, les juifs et les représentants de l'état. 14 coptes sont tués par cette organisation en mars 1992 à Sanabou (300 km au sud du Caire). Cinq années plus tard en février 1997, neuf fidèles coptes sont tués par des militants de la Jamaa Islamiya dans l'église d'Abou Qourqas (région de Miniya). Mais ces massacres ne sont pas des faits isolés, les agressions par les musulmans étant nombreuses. Et pour aggraver la situation, l'état ne fait preuve d'aucun effort pour arręter la violence, organisant lui-même la discrimination contre les coptes.

Ainsi, la commune d'Al Hocheh (450 km au sud du Caire, 24000 à 50000 habitants dont une majorité de coptes) a connu des brutalités policières en août 1998 suite à une enquête sur le meurtre de deux coptes. 1200 coptes ont été arrętés dont certains torturés pour, sans doute, trouver des coupables non musulmans. Il en est résulté un climat de tension extrême entre les deux communautés qui a conduit à des émeutes en janvier 2000, jusque là inégalées. Une altercation entre un copte et un musulman a dégénéré en 2 jours d'émeutes qui se sont étendues aux communes voisines avec un bilan de 25 morts (dont 18 coptes et un musulman), 33 blessés et 80 maisons incendiées. La passivité de la police porte là encore une part de la responsabilité dans l'ampleur du massacre.